Application: gvSIG desktop

Parece que habia una incongruencia en como se estaba creando la columna geometria.
Para crearla, por un lado se insertaban las cosas en la tabla OGIS_GEOMETRY_COLUMNS y por otro se creaba el indice:

INSERT INTO MDSYS.OGIS_GEOMETRY_COLUMNS (
    F_TABLE_SCHEMA, F_TABLE_NAME, F_GEOMETRY_COLUMN, GEOMETRY_TYPE) 
    VALUES ('P1', 'TEST', 'GEOMETRY', 1001);

CREATE INDEX "SDX_TEST_GEOMETRY" ON "TEST" ("Geometry") 
    INDEXTYPE IS MDSYS.SPATIAL_INDEX PARAMETERS ('LAYER_GTYPE=POINT');

El problema es que al insertar los datos en la tabla OGIS_GEOMETRY_COLUMNS se indicaba que era una geometria de tipo punto 3d (1001), y al crear el indice, en los PARAMETERS no se indicaba dimensiones y por defecto se asume 2D.

Tras la correccion las sentencias que se crean son:

INSERT INTO MDSYS.OGIS_GEOMETRY_COLUMNS (
    F_TABLE_SCHEMA, F_TABLE_NAME, F_GEOMETRY_COLUMN, GEOMETRY_TYPE) 
    VALUES ('P1', 'TEST', 'GEOMETRY', 1001);

CREATE INDEX "SDX_TEST_GEOMETRY" ON "TEST" ("Geometry") 
    INDEXTYPE IS MDSYS.SPATIAL_INDEX PARAMETERS ('SDO_INDX_DIMS=3,LAYER_GTYPE=POINT');

Ahora siempre se indica el parametro SDO_INDX_DIMS, siendo de 2 para geometrias 2D, 3 para las 3D y 2DM, y de 4 para las 3DM.