Application: gvSIG desktop

hasta donde he entendido de lo que cuentas el error estaria en el metodo getActiveDocument de DefaultProject. Este esta devolviendo un documento vista cuando se tropieza con la ventana de propiedades de esta cuando no deberia hacerlo. La ventana de propiedades no deberia ser relevante para saber si un documento esta activo.
La correccion de esto es simple.
Existe un interface que deben implementar todas las ventanas de los documentos, IDocumentWindow, asi que bastaria con que este metodo solo tenga en cuenta las ventanas que lo imlementen. Donde hace:

  if (window instanceof SingletonWindow ) {

bastaria con añadirle que sea instancia de IDocumentWindow :

  if (window instanceof SingletonWindow && window instanceof IDocumentWindow ) {

La cosaquedaria algo como:

    public Document getActiveDocument(Class<? extends Document> documentClass) {
        ApplicationManager application = ApplicationLocator.getManager();

        Document document = null;
        IWindow[] windows = application.getUIManager().getOrderedWindows();
        IWindow window = null;
        for (int i = 0; i < windows.length; i++) {
            window = windows[i];
            if (window instanceof SingletonWindow && window instanceof IDocumentWindow ) {
        // Cogemos no la primera ventana, si no la primera
                // ventana de tipo documento (SingletonWindow).
                // Y por si las mosca no es un documento, atrapamos
                // los errores y continuamos si no puede hacer un cast
                // del Model a Document
                try {
                    document = (Document) ((SingletonWindow) window).getWindowModel();
                    if (documentClass == null) {
                        return document;
                    }

                    if (documentClass.isAssignableFrom(document.getClass())) {
                        return document;
                    }
                    if( document instanceof DocumentsContainer ) {
                        Document subdoc = ((DocumentsContainer)document).getActiveDocument(documentClass);
                        return subdoc;
                    }

                } catch (ClassCastException e) {
                    // Do nothing, skip this window
                }
            }
        }
        return null;
    }