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The error happens DataSourceFactory, line 1626. When the SQL sentence is:

custom com_iver_cit_gvsig_arcjoin tables 'gdbms58fca320_1306f043386__6fce', 'rrline_japon.dbf' values(RRLNTYPE, RRLNTYPE);

This error is not present in gvSIG 1.11

Tras un poco más de investigación me parece que el error sucede cuando hay tres tablas implicadas (unión de 3 tablas por ejemplo). Si miramos el código del gvp que da el error nos encontramos con:

<xml-tag>
                <property key="name" value="operation"/>
                <property key="dataSourceName" value="gdbms58fca320_1306f043386__6fbc"/>
                <property key="sql" value="custom com_iver_cit_gvsig_arcjoin tables 'gdbms58fca320_1306f043386__6fce', 'rrline_japon.dbf' values(RRLNTYPE, RRLNTYPE);"/>
                <xml-tag>
                    <property key="name" value="operation"/>
                    <property key="dataSourceName" value="gdbms58fca320_1306f043386__6fce"/>
                    <property key="sql" value="custom com_iver_cit_gvsig_arcjoin tables 'rrline.dbf', 'rrline_filipinas.dbf' values(RRLNTYPE, RRLNTYPE);"/>
                    <xml-tag>
                        <property key="name" value="table"/>
                        <property key="table-name" value="rrline.dbf"/>
                        <property key="table-alias" value="rrline.dbf"/>
                    </xml-tag>
                    <xml-tag>
                        <property key="name" value="table"/>
                        <property key="table-name" value="rrline_filipinas.dbf"/>
                        <property key="table-alias" value="rrline_filipinas.dbf"/>
                    </xml-tag>
                </xml-tag>
                <xml-tag>
                    <property key="name" value="table"/>
                    <property key="table-name" value="rrline_japon.dbf"/>
                    <property key="table-alias" value="rrline_japon.dbf"/>
                </xml-tag>
</xml-tag>

Tiene pinta que está intentando acceder al DataSource gdbms58fca320_1306f043386__6fce, que es el producto de la unión de dos tablas cuando este todavía no ha sido creado.